Lagetemperatuurverwarming kan ook enkele nadelen hebben:

• Lagetemperatuurverwarming is een trage verwarming. Als u een (minder goed geisoleerde) woning tegen een bepaald tijdstip wilt opwarmen, dan dient de kamerthermostaat zodanig ingesteld te worden, dat de verwarming tijdig aanslaat. Een hogetemperatuur-verwarming zal een ruimte veel sneller verwarmen (met meerverbruik uiteraard als gevolg).
  
• De totale investeringskosten voor het plaatsen van dit systeem is iets hoger, omdat er een groter warmte-afgifte-oppervlak wordt voorzien. Deze meerkost wordt snel terugverdiend door het lagere energieverbruik. Bovendien geniet u direct van een verhoogd comfort.
  
• Bij ondermaats geïsoleerde woningen, moet de temperatuur van het aanvoerwater hoger zijn, wat bij vloerverwarming aanleiding kan geven tot een erg warme vloer. Tegelijk worden zwaardere deeltjes verplaatst wat niet bevorderlijk is voor mensen met allergieën. Dit probleem kan zich ook stellen wanneer de installatie niet werd geplaatst volgens de regels van de kunst. Een vloerverwarmingssysteem met te hoge temperaturen zou op lange termijn bevorderlijk kunnen zijn voor de ontwikkeling van spataders.